Η περιοχή των Πρεσπών αποτελεί ένα από τα πιο σημαντικά φυσικά οικοσυστήματα της Βαλκανικής χερσονήσου, όπου συναντώνται σημαντικοί τύποι οικοτόπων, υγροτοπικά και δασικά οικοσυστήματα υψηλής βιοποικιλότητας και εμπίπτει σχεδόν στο σύνολό της εντός δύο προστατευόμενων περιοχών του δικτύου Natura 2000.