Η πτήση drone πάνω από προστατευόμενες περιοχές προκαλεί σοβαρή όχληση στα είδη που ζουν και αναπαράγονται στις περιοχές αυτές. Ειδικά σε περίπτωση αποικιών πουλιών μπορεί να αποβεί μοιραία προκαλώντας την εγκατάλειψη ή την καταστροφή των φωλιών από τους γονείς που πετούν σε πανικό για να αποφύγουν τον κίνδυνο, οδηγώντας έτσι σε αποτυχία την αναπαραγωγή.