Διάφορα εργαλεία της ΕΕ προβλέπουν τη χορήγηση χρηματοδότησης για τη διατήρηση της βιοποικιλότητας, η οποία καταβάλλεται επίσης στο δίκτυο Natura 2000, που αποτελεί ακρογωνιαίο λίθο της διατήρησης της βιοποικιλότητας στην ΕΕ.

Ο έλεγχος του Συνεδρίου επικεντρώθηκε στην αποτελεσματικότητα του ΕΤΠΑ ως προς τη χρηματοδότηση έργων που προωθούν άμεσα τη βιοποικιλότητα. Το Συνέδριο εξέτασε αρχικά τον βαθμό στον οποίο τα κράτη μέλη αξιοποίησαν τους διαθέσιμους πόρους χρηματοδότησης του ΕΤΠΑ και στη συνέχεια αξιολόγησε τις επιδόσεις δείγματος 32 έργων.

Το Συνέδριο συμπέρανε ότι οι δυνατότητες χρηματοδότησης στο πλαίσιο του ΕΤΠΑ δεν αξιοποιούνται πλήρως από τα κράτη μέλη. Παρόλο που τα συγχρηματοδοτούμενα έργα του ΕΤΠΑ στον τομέα της βιοποικιλότητας συνάδουν με τις προτεραιότητες των κρατών μελών και της ΕΕ για την ανάσχεση της απώλειας της βιοποικιλότητας, πρέπει να καταβληθούν προσπάθειες προκειμένου να τεθεί υπό παρακολούθηση η πραγματική συνεισφορά τους και να διασφαλισθεί η διατήρηση των αποτελεσμάτων τους. Πολλές δραστηριότητες αφορούσαν την προετοιμασία σχεδίων προστασίας και διαχείρισης, τα οποία πρέπει τώρα να εφαρμοστούν ώστε να επιτευχθούν απτά αποτελέσματα.

Προκειμένου να ενισχυθεί η χρήση του ΕΤΠΑ για τη βιοποικιλότητα, το Συνέδριο συνιστά στην Επιτροπή:

α) να στηρίξει τα κράτη μέλη κατά τον καθορισμό προτεραιοτήτων για την αποκατάσταση της βιοποικιλότητας στο πλαίσιο επιχειρησιακών προγραμμάτων·

β) να αξιολογήσει τη συμπληρωματικότητα των δράσεων για την προώθηση της βιοποικιλότητας, οι οποίες έχουν καθορισθεί από τα κράτη μέλη στο πλαίσιο επιχειρησιακών προγραμμάτων με έργα που χρηματοδοτούνται από άλλα ταμεία της ΕΕ· και

γ) να παρακολουθεί την ουσιαστική εφαρμογή των επιχειρησιακών προγραμμάτων, με σκοπό τον έγκαιρο και προληπτικό εντοπισμό των δυσχερειών.

Τα κράτη μέλη πρέπει να συνεργάζονται με την Επιτροπή κατά την υλοποίηση των ανωτέρω.

Η Επιτροπή πρέπει επίσης:

α) να στηρίζει τα κράτη μέλη κατά την παρακολούθηση προπαρασκευαστικών έργων, με σκοπό μια ενεργό πολιτική προστασίας, κυρίως όσον αφορά την αποτελεσματική εφαρμογή των σχεδίων ειδικής προστασίας και διαχείρισης των οικοτόπων και των ειδών·

β) στο πλαίσιο των επιχειρησιακών προγραμμάτων, να απαιτήσει την πρόβλεψη διαδικασιών αξιολόγησης των περιβαλλοντικών αλλαγών στους οικοτόπους και τα είδη, κατόπιν των επεμβάσεων·

γ) να παρέχει συμβουλές στα κράτη μέλη ως προς την εφαρμογή των κανόνων του ΕΤΠΑ κατά τη σύμπραξη με άλλα ταμεία της ΕΕ.

Επιπροσθέτως, η Επιτροπή πρέπει να διασφαλίσει την τήρηση ενός ακριβούς αρχείου των άμεσων και των έμμεσων δαπανών της ΕΕ για τη βιοποικιλότητα (συμπεριλαμβανομένου του Natura 2000), ενώ τα κράτη μέλη πρέπει να διευκολύνουν την τήρηση αυτή, παρέχοντας τα απαραίτητα δεδομένα.